Pondok Pesantren memiliki perbedaan yang sangat mendasar dari sekolahan pada umumnya. Dan perbedaan yang paling substansial terdapat dalam proses pembentukan dari keduanya. Jika sekolahan dimulai dari sebuah musyawarah untuk menentukan panitia pembentukan sekolah, yang dilanjutkkan dengan penentuan tempat, pencarian dana, penentuan kepala sekolah, pengurus, guru, sampai pada gaji guru dan karyawan, pondok pesantren hanya dimulai dari kemauan seorang kyai untuk mengamalkan ilmunya demi sebuah perjuangan mencari ridha Allah. Ruh keikhlasan seorang kyai inilah yang lebih dominan mewarnai proses pendidikan di pesantren, bukan untuk mencari namun untuk memberi, bukan apa yang didapatkan namun apa yang diberi. Maka tidaklah mengherankan jika salah satu persyaratan seorang dikatakan kyai adalah tidak mendapatkan bulanan dari Pondoknya.
Jika sekolahan dimulai dari pendirian gedung, pencarian guru dan pencarian murid, Pondok Pesantren hanya dimulai dari adanya seorang kyai yang didatangi oleh santri yang memohon diterima sebagai seorang murid, dengan gubuk kecil (rumah kyai) sebagai tempat tinggal ala kadarnya. Jiwa keikhlasan santri untuk menimba ilmu kepada kyai menjadi kunci kesuksesan dalam proses pendidikan dan pembelajaran. Santri yang butuh kyai, bukan kyai yang butuh santri, santri yang butuh Pondok bukan Pondok yang butuh terhadap santri. Pondok Pesantren tidak menyebarkan surat edaran dalam mencari murid, hanya sebatas informasi pembukaan tahun ajaran baru pada tanggal sekian, namun calon santrilah yang mendatangi kyai untuk memohon diterima sebagai santri dengan kepercayaan sepenuhnya kepada kyai yang akan mencetaknya sebagai seorang yang sholeh di dunia maupun di akhirat insyaAllah.