Kedudukan santri terhadap kyai dan pondoknya adalah sebagai berikut:

Sesuai dengan riwayat pondok di atas, kyai merupakan elemen pertama yang ada, kemudian calon santri datang dengan segala kerendahan hati, memohon kepada bapak kyai supaya berkenan mengizinkannya untuk ikut menikmati ilmu yang ada pada beliau. Jika santri terebut tidak setuju dengan apa yang diberikan oleh bapak kiyai, dari disiplin dan peraturan yang ada, maka dia boleh pulang ke tempat asalnya, atau pindah ke pondok lain dengan tidak meninggalkan kerusakan atau gangguan apapun, serta tidak perlu merasa berhutang budi kepada pondok beserta kiyainya.

Setidaknya dari pengertian umumnya pondok, yaitu; lembaga pendidikan agama Islam dengan sistem asrama atau pondok, di mana kyai sebagai figur sentralnya, masjid sebagai pusat kegiatan yang menjiwainya, dan pengajaran agama Islam di bawah bimbingan kyai yang diikuti santri sebagai kegiatan utamanya, pondok pesantren mencakupi beberapa elemen dasar, yaitu: (1) pondok pesantren harus berbentuk asrama (full residential Islamic boarding school), (2) fungsi kyai sebagai sentral figur (uswah hasanah) yang berperan sebagai guru (mu’allim), pendidik (murabbi), dan pembimbing (mursyid), (3) masjid sebagai pusat kegiatan, (4) materi yang diajarkan tidak terbatas kepada kitab kuning saja, dan (5) santri sebagai penuntut ilmu, kader pejuang dan pemimpin ummat.

Pondok Pesantren memiliki perbedaan yang sangat mendasar dari sekolahan pada umumnya. Dan perbedaan yang paling substansial terdapat dalam proses pembentukan dari keduanya. Jika sekolahan dimulai dari sebuah musyawarah untuk menentukan panitia pembentukan sekolah, yang dilanjutkkan dengan penentuan tempat, pencarian dana, penentuan kepala sekolah, pengurus, guru, sampai pada gaji guru dan karyawan, pondok pesantren hanya dimulai dari kemauan seorang kyai untuk mengamalkan ilmunya demi sebuah perjuangan mencari ridha Allah. Ruh keikhlasan seorang kyai inilah yang lebih dominan mewarnai proses pendidikan di pesantren, bukan untuk mencari namun untuk memberi, bukan apa yang didapatkan namun apa yang diberi. Maka tidaklah mengherankan jika salah satu persyaratan seorang dikatakan kyai adalah tidak mendapatkan bulanan dari Pondoknya.

Secara umum pesantren atau pondok bisa didefinisikan sebagai lembaga pendidikan agama Islam dengan sistem asrama atau pondok, di mana kyai sebagai figur sentralnya, masjid sebagai pusat kegiatan yang menjiwainya, dan pengajaran agama Islam di bawah bimbingan kyai yang diikuti santri sebagai kegiatan utamanya.